华森制药高度重视研发创新，在2003年就设立了专门研发机构成都华森药物高新技术有限公司，2014年进行研发机构合并，在重庆设立药物研究院，主要从事治疗消化系统、精神神经、耳鼻喉、心脑血管疾病、肿瘤等领域的中药和化学药物、生物技术药物的研究开发，以“市场为导向，以产学研紧密结合为依托”的发展战略，创仿结合，拓展创新药物研究领域；广泛开展国内外合 作，注重人才引进与培养，采用全球先进一流的设备，拥有高素质的科研团队和专业高效的研发能力，不断向技术壁垒更高的创新药、高端复杂制剂、高端仿制药领域突破。

通过项目经验的不断积累建立了“原料药工程转化研究平台、工业药剂学处方设计与工艺放大研究平台和CMC（化学与质量控制）及杂质定量分析研究平台”等技术平台，且公司在共性研发平台建设方面成立检测中心，该中心已经通过CNAS认证，且为重庆市首家通过CNAS认证的药企。